Первый выпуск журнала «Полдень. XXI век» появился в мае 2002 года. Главный редактор и основатель «Полдня» Борис Стругацкий изначально планировал его как «толстый» литературный журнал, полностью посвященный отечественной фантастике. «Полдень. XXI век» выходил с периодичностью раз в два месяца и объединял в себе фантастику и реализм, популярные жанры и серьезную прозу. С мая 2007 года «Полдень. XXI век» преобразовался в альманах и изменил свой формат, фактически став книжной серией, которая пополнялась ежемесячно. Сохранив приверженность художественно-литературным традициям, «Полдень» внедрил новые рубрики и получил возможность публиковать с продолжением достаточно объемные произведения, которые ранее были ему недоступны. Формат и объем издания уменьшились, но периодичность удвоилась. Все произведения для журнала Борис Стругацкий отбирал, основываясь на собственных предпочтениях. После его смерти выпуск журнала был прекращен.