Прошло десять лет с момента событий первой части. Татьяна Королёва, ставшая признанным лидером общины "Родник", сталкивается с новыми вызовами. Её философия "права на различия" начинает распространяться за пределы станции, но сталкивается с ожесточённым сопротивлением со стороны традиционных фракций метро.
Когда на станцию прибывают представители крупнейших фракций метро — Ганзы, Красной линии и Рейха — с предложением о союзе, Татьяна осознаёт, что её идеи подвергнутся серьёзному испытанию. Каждая фракция рассматривает её философию либо как угрозу, либо как инструмент для достижения собственных целей.
Тем временем разворачивается история молодого сталкера Алексея Громова, который приносит новости о загадочных изменениях на поверхности. Мутанты начинают проявлять признаки разума, а радиация в некоторых районах стремительно снижается. Эти открытия ставят под сомнение основные представления жителей метро о мире наверху.