Вскоре Суздальские князья теряют княжество, которое становится частью Московского государства, хотя борьбу за Нижний Новгород потомки князя Андрея Ярославича ведут вплоть до второй половины XV века.
Потомки некогда независимых Суздальских князей становятся крупными вотчинниками и переходят на московскую службу, где благодаря своему знатному происхождению, сразу занимают высокое положение. Тем более, что вскоре угасает род Тверских князей, так же потерявший свои суверенные права.
В XV века Суздальско-Нижегородский княжеский дом сильно разросся. Образовались самостоятельные княжеские фамилии: Шуйские, Скопины-Шуйские, Горбатые, Глазатые, Барбашины и Ногтевы, сохраняя при этом общее фамильное прозвище Шуйские, полученное от главной вотчины рода города Шуи.
В Московском государстве князья Шуйские, помня о своём знатном происхождении, претендовали на высокое положение, и после прекращения Московской династии, как их ближайшие родственники, выступают главными претендентами на русский престол. И, в конечном счёте, Московский престол они занимают. В 1606 году царской короны добился Василий Иванович Шуйский.
Правление Василия Шуйского, его следует именовать царём Василием IV, пришлось на тяжелейший для России период. Время настоящего народного безумия, когда само существование независимого Русского государства находилось под вопросом.
Царь Василий Шуйский пытался спасти государство, утвердить в стране порядок, но был предан своими подданными и насильственно лишён власти и с родственниками выдан полякам. Вскоре род князей Шуйских в России и вовсе угас.
Стремясь оправдать своё предательство, современники Шуйских стали обвинять их в корыстолюбии и других тяжких преступлениях. Особенно усилился поток клеветы после утверждения в России новой династии Романовых, представители которой желали выглядеть на фоне угасшей династии Рюриковичей, настоящими спасителями отечества.
Заступиться за Шуйских было не кому, ведь княжеский род угас. Искажённые данные о представителях этого рода, и особенно о правлении царя Василия Шуйского, попали в учебники. Шуйских стали считать главными представителями боярской реакции, противниками царской власти.
Все это не соответствует истине, хотя никто не собирается идеализировать князей Шуйских. Принадлежа к высшей знати, потомки Суздальско-Нижегородских князей, обладали всеми пороками боярской среды, так как сами формировали идеологию боярства. В тоже время они являлись надёжной опорой центральной государственной власти, способствуя укреплению Русского государства.
Род Суздальско-Нижегородских князей, несмотря на то, что к середине XVII века уже угас, попал в «Государев родословец», в котором были указаны все ветви этой фамилии.
После многие известные генеалоги, в своих работах, показывали росписи всех ветвей рода князей Шуйских. Это князь Пётр Владимирович Долгоруков (1816–1868), князь Алексей Борисович Лобанов-Ростовский (1824–1896), Пётр Николаевич Петров (1827–1891).
В «Родословной книге князей и дворян российских и выезжих», более известной под названием «Бархатной книги», родоначальником Суздальско-Нижегородских князей показан князь Андрей Ярославич Суздальский.
В «Российской родословной книге» князя П. В. Долгорукова, родоначальником рода Суздальско-Нижегородских князей указан князь Андрей Александрович, сын князя Александра Невского. Такого же мнения придерживался известный русский историк Сергей Михайлович Соловьёв (1820–1879), автор многотомной «Истории России с древнейших времён».
Свою версию происхождения Суздальских князей Пётр Владимирович Долгоруков, знакомый с некоторыми родословными книгами, в которых родоначальником считается младший брат Александра Невского — Андрей, аргументирован тем, что в грамоте избрания на царство Василия Шуйского сказано, что царь происходит от Святого князя Александра Невского. «Кому же лучше знать своё происхождение как не князьям Шуйским»: — писал Пётр Долгоруков.
На ошибку князя П. В. Долгорукова указал генеалог Пётр Петров, который помимо русской ветви князей Шуйских, в своём труде, указал разрозненных представителей польских Шуйских, при этом считая польскую ветвь самостоятельным родом.