В то время, когда бушевали страсти по вопросу о будущем статусе Косова и Метохии, в Албании под доминирующим влиянием югославских инструкторов усилилось сопротивление германской оккупационной системе. В начале 1943 г. немцы вместе с отрядами балистов начали наступление на албанские партизанские формирования[79]. Вопреки ожиданиям, превосходящие силы германских войск не смогли потеснить албанских партизан, отряды которых состояли по большей части из албанских горцев, закаленных холодом, голодом и тяготами, которые они испытывали в условиях зимних военных действий на скалистых и труднопроходимых территориях[80]. В боях, которые велись до конца февраля, немцы не достигли поставленных целей, несмотря на значительные потери. Мощное немецкое наступление привело к противоположному результату. Вместо разгрома партизанских сил, на что рассчитывали немцы, произошло их укрепление. Сформировались новые партизанские отряды, которые отвоевали ранее утраченные территории, за исключением городков Гирокастро и Берат. К весне 1944 г. значительная территория, на которой проживало более 400 тысяч человек, что в то время составляло треть населения Албании, была освобождена от оккупантов[81].
М. Попович, югославский инструктор в Албании, в тяжелый период немецкого наступления старался действовать в соответствии с директивами югославского партийного руководства. Сразу же после завершения наступления он вел занятия на высших партийных курсах для руководящих кадров партизанских бригад. На этих курсах, продолжавшихся более месяца, кроме Поповича, преподавали К. Дзодзе, Р. Читаку, Л. Гега и Д. Мугоша. На занятиях изучались различные аспекты учения марксизма-ленинизма и истории ВКП(б). Для партийного образования в войсках использовались партийные пособия, подготовленные Блажо Йовановичем. Э. Ходжа и Верховный штаб, которые в период немецкого наступления не имели прямой связи с партизанскими бригадами, прибыли в центральную Албанию только после окончания работы курсов[82]. Попович, занимаясь идеологическим образованием молодых и политически неискушенных албанских партийных и военных руководителей, скорее неосознанно, чем систематически и намеренно передавал албанским слушателям югославский взгляд на вопросы устройства общества на основах марксистско-ленинского учения. Он, в отсутствие Э. Ходжи, мог беспрепятственно идеологически воздействовать на албанских военных и партийных руководителей, которым предстояло в будущем албанском обществе исполнять ведущие роли. Речь шла о важном шаге на пути унификации двух партий и постепенного, механистичного, или, во всяком случае по законам естественного превосходства, более сильного и искусного дозирования югославского доминирования в Албании. Неторопливо, но основательно югославское влияние на курс албанской компартии и ее вооруженные силы цементировало путь к совместному погружению в единый идеологический лагерь, который постепенно выкристаллизовывался в Европе, открывая путь к дальнейшей идеологической и политической конфронтации с Западом, произошедшей непосредственно после окончания Второй мировой войны.
Д. Мугоша покинул Албанию сразу же после завершения курсов. Перед отъездом он принял участие в заседании ЦК компартии Албании. По его рекомендации был освобожден от должности начальник штаба Спиро Мойсиу, на место которого назначили комиссара штаба Э. Ходжу, что дополнительно усилило югославское влияние в албанском партийном и военном руководстве, поскольку его уже тогда можно было считать югославским фаворитом[83]. На съезде в Пермете в мае 1944 г. Ходжа был утвержден в должности в звании генерал-полковника. Кроме того, на этом же съезде Мугоша рекомендовал, опираясь на югославский военный опыт, провести укрупнение албанских партизанских сил и сформировать дивизии[84]. Он также предложил на должность командира Первой дивизии Мехмета Шеху, что вначале вызвало сильное противодействие Ходжи, который, однако, преодолев личную неприязнь, отступил перед авторитетом Мугоши[85]. Миладин Попович уехал из Албании после отъезда Мугоши в Косово и Метохию[86].