В конце лета 1944 г. в Албании начался последний этап военных действий: основные силы Советской армии наступали на Балканах и в Центральной Европе, в то время как был открыт второй фронт, где на территории Франции успешно разворачивались операции войск западных союзников[87]. Перед Народно-освободительной армией Албании стояла особая задача. Требовалось собственными усилиями обеспечить блокирование коммуникаций, по которым из Греции отступала немецкая армия группы «Е», а также начать борьбу с крупными немецкими формированиями. В июне 1944 г. албанские партизанские силы сумели остановить немецкое наступление, имевшее целью их полное уничтожение. Одновременно действия албанских партизан необходимо было координировать с остальными операциями по освобождению Балкан. Красная армия после успешных операций на территории Румынии вступила в восточную Сербию и соединилась с сильной группировкой Народно-освободительной армии Югославии, которая также пробилась в Сербию из Боснии. После переворота (сентябрь 1944 г.) в Софии и болгарские войска начали операции против отступавших немецких войск[88].
В этих обстоятельствах в августе 1944 г. в Албанию прибыла югославская военная миссия во главе с полковником Велимиром Стойничем с задачей передать Верховному штабу Народно-освободительной армии Албании югославский опыт ведения боевых действий для предстоящих более серьезных, чем до этого, военных операций против отступавших из Греции немецких войск. Одной из задач миссии Стойнича было также установление постоянной связи между верховными штабами двух стран и помощь в дальнейшем строительстве Народно-освободительной армии Албании. Сразу же полковник Стойнич рекомендовал албанскому военному руководству от имени югославского Верховного штаба перенести центр операций на север страны[89]. Прибытие югославской миссии в Албанию не только символизировало начало нового этапа в двусторонних отношениях, но и открыло путь к дальнейшему усилению югославского влияния в Албании, которое проявилось не только в плане строительства партийной организации, но и в проведении военных операций, организации и формировании вооруженных сил. Все это создавало солидный фундамент для последующего югославского военного присутствия в Албании после окончания войны.
В конце сентября и начале октября 1944 г. почти вся южная часть Албании была освобождена. Небольшие немецкие гарнизоны в Берате и ближайших городках — Лушньи, Кучови и Фийерии, Гирокастро и окрестностях — были легко нейтрализованы. На юге Албании немцы продолжали удерживать только укрепления на побережье с центром в Валоне и быстро отходили в северном направлении[90]. Югославская военная миссия систематически работала над укреплением и реорганизацией албанских вооруженных сил. Албанской стороне были предоставлены почти все югославские материалы по различным вопросам организации Верховного штаба. Речь шла об оперативных и разведывательных материалах, материалах санитарной и интендантской службы, систем связи, а также об организации тыловых военных служб, корпусных округов, отдельных военных образований и специальных отрядов народной обороны[91]. В соответствии с рекомендациями югославов албанский Верховный штаб немедленно приступил к реорганизации собственных структур, формированию отрядов народной обороны и тыловых военных органов.
Кроме того, в связи с необходимостью планирования и проведения крупных военных операций встал вопрос о создании сильных оперативных групп. По советам югославской военной миссии были сформированы новые дивизии, а затем и корпуса как высшие оперативные соединения Народно-освободительной армии Албании. Проведение реорганизации албанских вооруженных формирований стало апогеем югославского военного влияния в Албании в годы войны. Речь шла не только о передаче военного опыта[92]. Югославская сторона постоянно расширяла влияние в военных делах в Албании, прокладывая этим путь к дальнейшему проникновению в эту страну. Именно поэтому албанская сторона позже, во время конфликта 1948–1954 гг. проявила недовольство деятельностью югославской военной миссии. Энвер Ходжа подчеркивал, что конфликт со Стойничем был вызван тем, что он, являясь только главой югославской военной миссии, фактически был инструктором югославской компартии в Албании[93]. Кроме того, Стойнич, имея серьезный опыт партийной работы в прошлом, в том числе и подпольный, военного опыта не имел. Доступные для изучения источники партийного и военного происхождения не позволяют подтвердить или опровергнуть эти утверждения. С другой стороны, некоторые источники ясно свидетельствуют о том, что Стойнич, помимо военных, имел и полномочия, и поручения политического и разведывательного характера[94]. Несмотря на подобные подозрения, югославская военная миссия пользовалась неоспоримым авторитетом в Албании.