В начале ноября 1944 г. началась завершающая операция по освобождению албанской территории. После консультаций с югославской военной миссии албанский Верховный штаб принял решение о штурме Тираны. Конкретную помощь в организации новых служб в соединениях, которые должны были участвовать в операции, оказывал подполковник Войо Тодорович[95]. Освобождение Эльбасана и Тираны было доверено Первому корпусу Народно-освободительной армии Албании. Верховный штаб при значительной помощи югославской военной миссии и лично полковника Стойнича разработал план взятия Тираны. Подполковник Тодорович в предстоящей операции отвечал за реализацию разработанного плана совместно с командованием Первого корпуса и подчиненными ему соединениями. Наряду с этим он должен был передавать устно особые приказы Верховного штаба военным подразделениям[96]. Бои за Тирану начались в первые дни ноября и продолжались несколько дней. Обе стороны понесли значительные потери. Лишь 17 ноября 1944 г. албанские войска взяли Тирану, что привело к полному завершению войны на территории Албании[97].
Окончание основных военных операций в Албании означало и начало долгого процесса идеологического и политического сближения с югославскими коммунистами. Влияние КПЮ в Албании, начавшееся со скромной организации албанских коммунистов по мандату Коминтерна накануне Второй мировой войны, продолжавшееся в тяжелые годы войны и революции, превратилось в решающее югославское политическое, военное и идеологическое воздействие на Албанию, которое мощью и масштабом политического размаха предопределило будущий югославский патронат над Албанией.
Освобождение Албании от немецкой оккупации означало и значительный поворот в югославе-албанских отношениях, выглядевших до этого как особая взаимосвязь старого и молодого, опытного и менее опытного и трансформировавшихся в итоге в тесное сотрудничество в первую очередь в военной области. Перед лицом неясной ситуации в северной Албании, над которой албанские партизаны не могли установить контроль, а также в связи со значительной поддержкой албанцами Косова и Метохии нацистской Германии до последних дней войны, югославский Верховный штаб потребовал от Верховного штаба Албании отправить на территорию Югославии севернее от Дрины свои войска с целью создания новых отрядов и разгрома коллаборационистов, мотивируя это тем, что там усиливались силы противника[98]. В Югославию были направлены 5-я и 6-я дивизии для преследования немецких войск группы армий «Е», отступавших из Греции и Албании. Сначала албанский Верховный штаб колебался, несмотря на настойчивость югославского командования. Югославская военная миссия в Тиране настаивала на том, что ввод войск в Югославию, на территории, населенные албанцами, будет иметь особое политическое значение[99], повлияет на югославских албанцев: изменит их крайне негативное отношение к партизанскому движению.
Части 6-й албанской дивизии около Подгорицы участвовали в боях с частями немецкого 21-го армейского корпуса, которые пытались через Никшич продвинуться в сторону Мостара. В боях около Ветреника особо себя проявили албанские отряды, понесшие и значительные потери. Совместно с частями югославского 2-го корпуса албанская 6-я дивизия участвовала в преследовании албанских пособников оккупантов в долине Лима и в Рашской области[100]. Эта же дивизия провела наступление на Добрун, а позже вместе с 37-й санджакской дивизией НОАЮ взяла Вышеград. Албанская 5-я дивизия была направлена непосредственно в Косово и Метохию, где вместе с НОАЮ участвовала в освобождении Призрена и Джаковицы[101]. Обе эти дивизии находились в оперативном подчинении 5-й югославской армии[102]. За включение этих дивизий в состав югославских вооруженных сил, их материальное обеспечение в югославском руководстве ответственность была возложена на Милована Джиласа. Кроме того, югославская сторона взяла на себя обязанность должного снабжения этих войск боеприпасами[103]. Обе дивизии оставались на территории Югославии вплоть до осени 1945 г. Они базировались на территории западной Македонии и участвовали в ликвидации оставшихся там групп балистов[104]. В отношениях между югославскими властями и командованием этих частей часто возникало напряжение, поскольку бойцы албанской армии без предупреждения передвигались в районе Охрид — Подградец, не соблюдая пограничные правила[105]. Осенью 1945 г. албанские вооруженные отряды проводили операции в зоне Ресен — Охрид — Струга и Тетово — Гостивар — Кичево[106].